故事设定在未来的日本。在未来社会，全世界被庞大信息网络连为一体，人类的各种组织器官均可被人造化。生化人、仿生人、人类共存在地球上，单凭肉眼无法识别。很多人的身体都有着与网络连接的端口（在脖子后面），身体纯粹成为了一个容纳人类灵魂的容器。在这样的背景下，犯罪活动也有了新的动向，日本国家公共安全委员会下属的秘密行动小组“攻壳机动队”就是专门为对付此类犯罪而成立的，素子（斯嘉丽·约翰逊 饰）就是其中的一员。