在《黑衣人3》中，探员J（威尔·史密斯 饰）和探员K（汤米·李·琼斯 饰）强势归来。和黑衣人一起的15年里，J看到了一些令人匪夷所思的事情，但这些都不算什么，即使是外星人，都没有他腹黑寡言的搭档更让他感到困惑。但当K的生命和地球的命运危在旦夕时，探员J将不得不回到过去扭转局面。J发现了K从未告诉他的惊天秘密－－在他和年轻时的探员K（乔什·布洛林 饰）合作拯救他的搭档、组织和人类未来的过程中，秘密将会浮出水面。